蠕動泵在輸送流體的過程中，流體在硅膠管里運行，這樣就避免了泵體對流體的污染。蠕動泵對流體的輸送是靠硅管被擠壓過程中達到的目的，固此不會產任何剪切力和熱效應，流體的活性也就不會被破壞。所以在世界上被廣泛應用到生物醫學工程方面。在生物制品方面蠕動泵廣泛應用到血漿濃縮，蛋白質及酶的濃縮或脫鹽，血清的滲析，細菌病毒疫苗的濃縮、細胞的收集等等。
硅膠管夾在殼體和泵頭的三輥之間，殼體內經和三輥之間的間隙是硅膠管的雙壁厚度之和．蠕動泵泵頭隨電機旋轉時三輥不斷擠壓硅膠管，使硅膠管中的流體也連續穩定的擠出。隨著擠壓點的前移后部叉形成真空而使流體吸入泵內。這樣，隨著蠕動泵泵頭轉速的改變，流量也隨著改變。